Para vc recuperar arquivos da máquina onde o sistema está implantado, sem precisar de configurações estáticas, de forma automática, usamos os métodos da classe FacesContext do JSF e da ServletContext. Vou colocar um trecho de código aqui para melhor entendimento.
String pathCompleto = null;
String pathInicial = ((ServletContext) this.getFacesContext().getExternalContext().getContext()).getRealPath("/");
String pathFinal = "resources" + java.io.File.separator + "relatorios" + java.io.File.separator;
if (opcao.equals(EnumRelatorio.REL_RECIBO_MAO_DE_OBRA)) {
pathCompleto = pathInicial + pathFinal + "etc...";
Bom, acho que isso já vai ajudar um pouco. Qualquer sugestão ou dúvida é só comentar.
Abraço!
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